真菌などの顕微鏡検査

水虫（足白癬）の原因となる白癬菌、カンジダ、癜風など真菌（カビ）の検査に顕微鏡を使用します。
病変部の鱗屑、痂皮（かさぶた）、水疱（水ぶくれ）の膜をピンセットなどでむしり取って調べます。毛や爪を調べることもあります。これらの検体をスライドグラス上に置き、何重にも重なっている角質細胞を軟らかくして、薄く伸ばすために、KOH（苛性カリ）液を加えます。加熱後顕微鏡で観察します。
白癬菌は皮膚糸状菌ともいわれ、枝分かれしながら伸びる糸状の細い菌糸が見えます。カンジダ症を生じるカンジダはやや細い菌糸とブドウ房状の胞子の塊が一緒に認められます。

その他アタマジラミや疥癬（皮膚に寄生するダニ）の虫体や虫卵の検出などにも顕微鏡が用いられます。